HighCharts. Un API de gráficos bastante buena.

Todos queremos mejores librerías javascript de gráficos. Dojo tiene una buena opción que es Protovis, y por ahí hay muchas librerías (deja un comentario con tu favorita).
La última en aparecer es HighCharts que usa tanto jQuery como MooTools para las tareas JavaScript más frecuentes. Además, Internet Explorer necesita ExCanvas que emula al elemento Canvas.
Un ejemplo de gráfica:

var chart1 = new Highcharts.Chart({
         chart: {
            renderTo: 'chart-container-1',
            defaultSeriesType: 'bar'
         },
         title: {
            text: 'Fruit Consumption'
         },
         xAxis: {
            categories: ['Apples', 'Bananas', 'Oranges]
         },
         yAxis: {
            title: {
               text: 'Fruit eaten'
            }
         },
         series: [{
            name: 'Jane',
            data: [1, 0, 4]
         }, {
            name: 'John',
            data: [5, 7, 3]
         }]
      });

Devuelve algo así: